厚み方向(Z)の不揃い、直角がでないなどの原因なんですが、
機械の精度、テーブルに対して主軸が真直ぐになっているかが大事で
主軸に、ピークテストつけて、バイスの平面、垂直面を走らしても
テーブルにバイスが正しく取り付けられているかの確認だけなんです、
正しく取り付けられたバイスで加工して厚みが違う、直角がでない場合は、
機械の精度が原因と考えた方が正しいです。
特に、前後方向のテーブルに対して主軸の傾きが原因ですよ。
汎用のテーブルがX,Y,Z軸に動くタイプなどは出ないと思った方が良いですね。
半ロックなどにして、その機械の癖を知っていないと無理ですね、
バイスの制度がどうのという前に機械を疑った方が良いと思いますが、
ピークテストをいくら走らしても問題は解決しなかった経験からですがね。